Algebekæmpelsesmidler indeholder, som andre bekæmpelsesmidler, farlige kemikalier, som er bestemt til at slå levende organismer ihjel. Det kan skade miljøet, hvis kemikaliefyldt vand ikke behandles korrekt.

Det er især vigtigt at opsamle kemikaliefyldt vand i områder, hvor der er separatkloakering for regnvand. Det er afgørende for miljøet, at hverken koncentrerede eller opblandede midler afledes til regnvandskloakken, da denne kan lede direkte til sø eller å med stor miljøskade til følge.

Mange alge- og mosmidler må slet ikke ledes til kloak. Miljøstyrelsen anbefaler, at de brugte midler altid opsamles og håndteres efter kommunens anvisning, som i dette tilfælde betyder, at alge- og mosmidlerne skal afleveres til godkendt modtager. Hvis der ønskes at lede kemikaliefyldt vand til kloakken, skal Odense kommune først kontakte med henblik på en vurdering af, om dette vil kunne tillades.  

Der gøres opmærksom på at algebekæmpelse alene må foretages med midler, der er godkendt hertil af Miljøstyrelsen. Det er virksomheden der forestår rensning af tage o.l., som er forpligtiget til at sikre at der anvendes godkendte bekæmpelsesmidler. Dette skal fremgå af etiketten og en liste over godkendte midler kan ses på Miljøstyrelsens hjemmeside.

Der kan læses mere om algebekæmpelsesmidler og brugen af disse på Miljøstyrelsens hjemmeside.