Stavis Å løber gennem en tunneldal, som blev skabt under den sidste istid af gletsjere, som formede landskabet i bakker og dale, som i dag præger hele den vestlige del af Odense Kommune. Især smeltevand, der løb under gletsjerne, var med til at forme landskabet. De tre dale mellem Korup og Næsbyhoved-Broby, med retning mod nordvest, er alle udgravet af smeltevand under en gletsjer.

Åen udspringer i Andebølle Mose nord for Vissenbjerg og ledes efter godt 26 km fra Bispeengen gennem en sluse til Odense Kanal. Undervejs løber Ryds Å og længere fremme Viemoserenden (tidligere Allese Å) ud i åen.

Luftfotoet viser, hvordan Stavis Å slynger sig gennem Bispeengen til udmundingen i kanalen

Stavis Å havde engang sit løb som en slynge syd om Næsbyhoved men fik senere udløb ud i Næsbyhoved Sø i dennes nordvestlige hjørne for senere at ende i et bredt udløb i den inderste del af Odense Fjord ved Bogø Strand. Men da Odense Kanal blev gravet og anlagt ind til Odense by i årene 1796-1804 blev tilgrænsende områder af Næsbyhoved Sø og Bogø Strand inddæmmet og tørlagt. Bogø Strand er altså en kunstig halvø, som oprindelig lå på fjordens bund.

Her ses et bud på det oprindelige og nuværende løb for Stavis Å

Den gamle kanal kom kun til at fungere i 100 år. I 1904 blev der etableret en ny kanalføring fra fjorden til byen, hvor en del af strækningen blev lagt om. Odense Kommune havde købt Bogø Strand og flyttede kanalen, der hidtil havde passeret tæt forbi Skibshusene, længere mod vest, så den nu løb tæt forbi Stige. 

En tid lå begge kanalforløb ved siden af hinanden inden den gamle kanal delvist blev fyldt op med jord. 

Stavis Å ledes i dag fra Bispeengen gennem en sluse ud i Odense Kanal. På dette kortudsnit fra 1880 ser man tydeligt, at Bogø Strand er blevet afvandet.

På dette kortudsnit fra 1931 kan man både se dele af det nye og det gamle kanalforløb med Bogø Strand som en kunstig halvø